โครงการศูนย์แพทย์ทหารบกจังหวัดชายแดนภาคใต้ เกิดขึ้นเนื่องจากในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ ยังมีพื้นที่ที่ห่างไกลและมีข้อจำกัด ในการมารับบริการทางการแพทย์ และขาดแคลนบุคลากรทางการแพทย์ หน่วยงานสาธารณสุข ไม่สามารถให้บริการแก่ประชาชนได้